违法所得没收程序是与刑法第六十四条实体规定基本对应的特别程序，适用程序从新的一般效力原则。根据刑事诉讼法第二百八十条的规定，适用违法所得没收程序本质上是对依照刑法规定应当追缴违法所得及其他涉案财产的一种特别程序。此处的所谓“依照刑法规定”，是指依照刑法第六十四条的规定，即“对犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。”除了未规定责令退赔，刑事诉讼法增设的违法所得没收程序与刑法第六十四条的规定在适用旨趣上基本对应。刑法第六十四条是针对违法所得及其他涉案财产的专门处理规定，从立法技术分析，该规定的适用范围并非仅限于犯罪嫌疑人、被告人到案情形。换言之，刑事诉讼法增设违法所得没收程序并非增加了实体规定，而是增设了适用实体规定的程序。对于犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件，刑事诉讼法增设违法所得没收程序前，无法通过诉讼程序适用刑法第六十四条的实体规定；刑事诉讼法增设违法所得没收程序后，可以通过诉讼程序适用刑法第六十四条的实体规定。对于实体规定，法律效力一般适用从旧兼从轻原则，而对于程序规定，法律效力一般适用从新原则。法不溯及既往是法治国家的标志之一，而程序从新原则是法谚“实体从旧、程序从新”的具体体现。现代意义上的程序不仅指司法程序，还包括立法程序、行政程序和其他法律程序。因此，在确定违法所得没收程序是适用刑法第六十四条特别程序的前提下，对犯罪嫌疑人、被告人于2013年1月1日前逃匿、死亡的案件适用违法所得程序，是贯彻程序从新原则的具体体现。
第二百八十条
对于贪污贿赂犯罪、恐怖活动犯罪等重大犯罪案件，犯罪嫌疑人、被告人逃匿，在通缉一年后不能到案，或者犯罪嫌疑人、被告人死亡，依照刑法规定应当追缴其违法所得及其他涉案财产的，人民检察院可以向人民法院提出没收违法所得的申请。
公安机关认为有前款规定情形的，应当写出没收违法所得意见书，移送人民检察院。
没收违法所得的申请应当提供与犯罪事实、违法所得相关的证据材料，并列明财产的种类、数量、所在地及查封、扣押、冻结的情况。
人民法院在必要的时候，可以查封、扣押、冻结申请没收的财产。
第六十四条
犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。没收的财物和罚金，一律上缴国库，不得挪用和自行处理。
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违法所得没收程序适用的溯及力、时效问题认定
